Tipik bir veritabanı ile bir blok zinciri arasındaki en önemli fark, verilerin yapılandırılma şeklidir. Bir blok zinciri, (bilgi kümelerini tutan bloklar olarak bilinen) gruplar halinde bilgi toplar. Blokların belirli depolama kapasiteleri vardır ve bu kapasite dolduğunda, önceden doldurulmuş bir başka bloğa zincirlenirler ve böylelikle, "blok zinciri" olarak bilinen bir veri zinciri oluştururlar. Yeni eklenen bloğu izleyen tüm yeni bilgiler, yeni oluşturulmuş bir blok halinde derlenir; ilerleyen süreçte, doldurulduktan sonra zincire eklenir. Bir veritabanı, verilerini tablolar halinde yapılandırırken; bir blok zinciri, (adından da anlaşılacağı üzere) verilerini birbirine zincirlenmiş parçalar (bloklar) halinde yapılandırır. Bu, tüm blok zincirlerinin veritabanı olmasını, ancak tüm veritabanlarının blok zinciri olmadığınının açıklamasıdır. Ayrıca, bu sistem, merkezi olmayan bir ortamda uygulandığında, doğal olarak geri dönüşü olmayan bir veri zaman çizelgesi oluşturur. Bir blok doldurulduğunda taşa yerleştirilir ve bu zaman çizelgesinin bir parçası olur. Zincirdeki her blok, zincire eklendiğinde kesin bir zaman damgası alır.